对于筛选到的多肽序列，可以通过：多位点扫描随机多肽文库、对多肽序列进行优化，筛选到活性更强的多肽序列。

     单位点扫描矩阵的设计比较简单。多肽某个选定的区域或位点被系统地用其他氨基酸替换，这类肽库有助于研究人员发现在某个特定位置上具有特殊影响或活性的特定区域。

     多位点扫描随机多肽文库相对比较复杂。此多肽文库的设计是以20种天然氨基酸通过鸟枪式法（shotgun approach）同时地、随机地取代被选择的氨基酸残基。此多肽文库在被选择的氨基酸中构建了尽可能多的突变。这类文库可筛选到活性增强的多肽序列。此方法设计的多肽文库，库容大且筛选工作量大，同时进行三位点的筛选其库容即达到8000条。采用peptidegoTM专有组合化学策略，可以大大降低多肽合成数量及筛选工作量，对于三位点的筛选，其筛选工作量和多肽的生产费用可降低至800条。采用peptidegoTM专有组合化学策略，使更多位点同时扫描成为可能。

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